為服務軍國主義，近代的日本學者普遍與政治關系緊密，以學術研究與探險考察為主要方式，通過歪曲、拆分中國歷史，從學術上分裂新疆，其活動的本質(zhì)也往往是協(xié)助日本對亞洲的侵略。

    十九世紀末，日本“亞細亞主義”興起，主張亞洲各國應采取聯(lián)合的方式抗擊外來殖民主義者，借以掩飾其稱霸亞洲的野心。1887年，日本陸軍大佐小川又次提交報告《清國征討方略》，提出控制我國新疆的構想“于西藏、青海、天山南麓，立達賴喇嘛；于內(nèi)外蒙古、甘肅省、準噶爾，選其酋長或人杰為各部之長，并由我國監(jiān)之?！贝藭r日本侵占新疆的企圖已然顯現(xiàn)。

    受日本崛起、民族狂熱以及“亞細亞主義”的影響，以白鳥庫吉、矢野仁一等為代表的“東洋史學”提出“中國非國論”，將中原等同于中國，將漢民族等同于中華民族，將長城以外疆域排除于中國疆域，將眾多少數(shù)民族排除于中華民族行列，其觀點核心便是從學術上分割中國，此歷史虛無主義觀點極大誤導了當時國人的認知。

    進入二十世紀，為進一步掌握對我國新疆地區(qū)歷史的解釋權，日本決定組織探險隊前往新疆，在此過程中，伴隨著大量間諜活動。例如，1902到1913年間，以大谷光瑞為首的大谷探險隊三次前往新疆，打著“考察”佛教遺址的名義，不僅盜掘文物，對我國文物資源造成了極大的破壞，同時其隊員橘瑞超還在南疆地區(qū)開展測繪活動，從事著刺探軍事情報的間諜活動。在日本學術界的助力下，彼時的日本政府完成了對新疆從認識到關注，再到從中攫取日本利益的轉變。

    日本滲透新疆的活動以學界、軍界、政界順序?qū)舆f推進。近代日本對新疆的間諜活動主要通過日本陸軍參謀本部、外務省、興亞院等官方機構以及樂善堂、東亞同文會、善鄰協(xié)會等民間團體開展。雖然日本各諜報主體的工作內(nèi)容及側重點各有不同，但其在服務于日本的侵華政策上具有一致性。

    十九世紀末，日本不斷派遣間諜進入我國新疆。1880年日本駐俄公使西德二郎由中亞進入新疆；1888年間諜組織樂善堂派浦敬一調(diào)查伊犁；1905年日本外務省委托東亞同文書院派遣林出賢次郎、波多野養(yǎng)作前往新疆；1907年日軍參謀本部派遣軍人日野強與上原多市進入新疆；1917年日軍參謀本部派遣佐田繁治在迪化以研究宗教的名義開展諜報活動；1918年2月參謀本部派遣六名軍官前往蒙古及新疆地區(qū)進行諜報工作，同年3月在華日軍司令官石光真臣向陸軍大臣大島健一遞交報告要求在中國張家口、西安、迪化和庫倫四地設置諜報機關。日本的這些間諜活動一直持續(xù)到日本侵華戰(zhàn)爭的爆發(fā)。

    日本間諜在新疆有組織、有計劃進行著宣傳、情報收集、挑撥民族關系等活動。且根據(jù)日本階段性侵華目標的變化而不斷擴充著其諜報任務的多樣性，有些間諜甚至在新疆擔任了烏魯木齊法政學堂教員，伊犁武備學堂總教頭等職位。與實地進入新疆的間諜相互配合，日本各間諜機構也對各種途徑收集到的諜報信息進行翻譯、參考、編纂成冊，并提交決策層以助于其侵華政策的制定，其內(nèi)容涉及當時新疆的政治、經(jīng)濟、社會、教育、軍事、地理、氣候、物產(chǎn)、交通等信息。

    除《伊犁紀行》《新修中國省別全志·新疆省》等公開出版的著作外，數(shù)量最為龐大的要數(shù)日本官方機構的內(nèi)部檔案，包括《清國新疆省伊犁地方視察復命書》《兵要地理及軍用資源資料》《新疆調(diào)書》等，其中屬《新疆政況并事情雜纂》最為完備，包括從1926到1944年間有關新疆的多達千份的報告及電報等內(nèi)容。此些檔案中“據(jù)諜者所報”等話語不勝枚舉，可見日本對新疆所開展的間諜活動程度之深之廣。

    九一八事變后，日本的野心進一步膨脹。1932年熱河省承德特務機關長松室孝良向參謀本部提交報告《關于蒙古建國的意見》，認為“蒙古國之成立將促甘肅、新疆等地回回族興起，必將始建回回國，且可以蒙古國助成西藏與日本合作之氣韻。至彼時，支那本土外側將形成以日本為中心之滿洲國、蒙古國、回回國、西藏國之環(huán)狀聯(lián)盟，引支那入不得不與日本合作之境地。”

    日本欲聯(lián)合宗教勢力，企圖以回教工作為核心繼偽滿、偽蒙政權之后再通過扶植前土耳其王室成員或是地方宗教勢力于新疆建立第三個“偽疆”政權，將其作為日本的“一片新的疆土”，并逐步生成方案，準備在侵華戰(zhàn)爭中隨時投入實施。由此，日本在新疆的間諜活動增加了以傳播自決思想、煽動對立為主的“回教工作”部分。

    日本在其“新疆方案”確立后，便著手“偽疆”政權計劃的實施。日本一方面在本國成立諸如“伊斯蘭文化研究所”“大日本回教協(xié)會”等以研究宗教為名、實則服務于其侵略活動的組織，另一方面日本在其占領區(qū)內(nèi)成立“西北回教民族協(xié)會”“防共回教徒同盟”等回教組織，同時建立特務機關繼續(xù)滲透新疆，并通過阿富汗、印度等地積極聯(lián)系疆內(nèi)宗教分裂勢力。

    1931年日本駐阿富汗公使北田正平開始與泛突厥主義者接觸。1933年日本企圖扶植土耳其末代皇帝之孫阿不都·克里木為“偽疆”政權國王，起到與偽滿傀儡皇帝溥儀相同的作用。偽滿洲國外務局調(diào)查報告《近期新疆概況》中提到“應多次派人前往南疆傳播民族自決思想，誘使纏回和漢回開展反對盛世才的活動，并間接對抗蘇聯(lián)，同時也必須預想到將來新疆的內(nèi)亂的出現(xiàn)，以及為回教國的建立做準備。”

    1937年，宗教分裂分子麻木提在新疆的分裂活動失敗，出逃印度并尋求日本的支持。此時日本認為應使流亡各地的分裂主義者“以麻木提為中心聯(lián)絡團結在一起，準備東山再起”，利用麻木提等人“深刻的復仇心”開展“由作為東洋盟主的日本支援新疆的獨立運動。”1939年在日本政府的支持下，麻木提與謝力甫等12人在東京組建了“民族獨立委員會”繼續(xù)謀劃分裂活動。1940年時任日本內(nèi)閣參議的林銑十郎派遣皈依伊斯蘭教的日本人三條壽美子前往綏遠與謝力甫共同進行分裂活動。

    侵華戰(zhàn)爭時期的日本通過利用宗教分裂勢力妄圖建立 “偽疆”政權的野心是日本全面侵略中國計劃的一部分，是其“防共回廊”“大東亞共榮圈”的一部分。隨著中國各族人民的英勇奮戰(zhàn)以及世界范圍內(nèi)反法西斯斗爭取得勝利，日本宣布無條件投降，其自19世紀末以來不斷推進的“新疆方案”最終隨之破滅。